De geschiedenis van de kerk voert terug tot in de tijd van de Reformatie.Vanaf het einde van de 17e eeuw werd het katholicisme langzamerhand weer gedoogd en werden in het grensgebied vele parochies gesticht, toen vallend onder het bisdom Münster. Desondanks lieten veel katholieken uit het grensgebied hun kinderen te Zwillbrock dopen of legden er hun biecht af. Door giften van de Nederlandse katholieken en de prins-bisschop Franz Arnold von Wolff-Metternich zur Gracht konden de franciscanen in 1713 een nieuw kloostergebouw bouwen. Op 6 oktober 1717 werd de eerste steen gelegd van de huidige St. Franziskus. De kerk kwam in 1719 of 1720 gereed, maar werd pas op 24 april 1748 gewijd. De kerk werd gewijd aan de heilige Franciscus van Assisi, die rond 1225, net als de Bocholtse franciscanen in 1651, een kerstmis opdroeg in de open lucht, bij de grotten van Greccio in de Italiaanse bergen.
De kerk werd in 1765 en 1782 vernieuwd en uitgebreid. Het klooster werd in 1811 op grond van de wetgeving ten tijde van de Franse overheersing gesloten en de omliggende kerkelijke landerijen werden verkocht. In de jaren twintig van de 19e eeuw is het klooster uiteindelijk afgebroken. In de St. Franziskus werden echter nog steeds gebedsdiensten gevierd en de gelovigen slaagden er uiteindelijk in om Zwillbrock op 12 april 1858 tot zelfstandige parochie te laten verheffen. De parochie telt tegenwoordig ongeveer 200 leden.
In tegenstelling tot vele kerken in de directe omgeving van Zwillbrock, werd de St. Franziskus ten tijde van de Tweede Wereldoorlog gespaard. Als gevolg daarvan is de kerk met gehele barokke inrichting in zijn originele staat enig in zijn soort voor het gehele Münsterland. Altaren en beelden zijn allen vervaardigd uit eikenhout. De namen van de architecten, beeldhouwers en schilders zijn echter veelal onbekend. De kerk werd tussen 1958 en 1961 onder leiding van Edgar Jetter grondig gerestaureerd.
